تشرف الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي على مراحل تعقيم وفلترة ماء زمزم، وما يستخدم خلالها من أجهزة تعتبر أحدث ما توصل إليه العلم في مجال تعقيم الماء المخصص للشرب، مستمدة الدعم اللامحدود من قيادة المملكة العربية السعودية وجهودها العظيمة في خدمة الحرمين الشريفين ومنظومة خدمات قاصديهما.
ولضمان جودة ماء زمزم وخلوه من أي بكتيريا وفيروسات يتم تمريره على أحدث أنظمة التعقيم (وحدات الأشعة فوق البنفسجية) وذلك لقتل البكتيريا والفيروسات بالأشعة فوق البنفسجية بمستوى عالي من التعقيم، فيما يقوم الكيلو واط الواحد من الكهرباء بتعقيم (12000) جالون من الماء لضمان عدم تغير لون ماء زمزم أو طعمه أو رائحته.
وعن كيفية استخدام الأشعة فوق البنفسجية في التعقيم والفلترة يتم تسليط طاقة ضوئية تنتج من مصابيح زئبقية منخفضة الضغط محمية بأنواع خاصة من الزجاج، تسمح للضوء بالمرور على البكتيريا والفيروسات وغيرها من الأحياء الدقيقة، واختراق الغلاف الخارجي وتدمير الحمض النووي[D. N. A]، ثم يتم دخول المياه إلى أنبوبة أسطوانية توجد بداخلها المصابيح (اللمبات) المولدة للأشعة فوق البنفسجية، ويعتمد عدد اللمبات الموجودة داخل الأسطوانة على حجم الأسطوانة وكمية المياه المراد تعقيمها، كما يتم ضبط سرعة دخول المياه بحيث تكون بسرعة كافية لقتل أي بكتيريا أو فيروسات.
ولأجل الحفاظ على سلامة مياه زمزم تتخذ الرئاسة مجموعة من الإجراءات بدءاً من ضخ مياه زمزم المبارك من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر فلاتر تحجز الرمال والشوائب، ومواسير لا تصدأ (استانليس استيل) حتى وصولها إلى خزانات مغلقة تمامًا، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية، كما تجري نفس الآلية عند نقلها إلى المسجد الحرام عبر فريق من المختصين يشرفون على هذه الأعمال، للتأكد من التنفيذ وفق أصول فنية متبَعة، تلبي تطلعات ولاة الأمر -حفظهم الله- وعنايتهم بالحرمين الشريفين وقاصديهما
